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最后小智选择理了杰尼龟，可是打开存放杰尼龟的精灵球才发现里面是空的，大木博士在一旁吐槽小智。
“那个已经被准时到来的训练家拿走了。”
听到大木博士的吐槽，小智满不在乎的回答：“哎呀，知道了知道了，迟到确实是我不应该，那我就选择是你了妙蛙种子从！”
可是打开宝贝球，依然是空的。
大木博士就在旁边补刀：“那个也被准时到来的训练家拿走了。”
无奈的小智只好看向最后一个精灵球，那就决定是你了，小火龙！可是打开之后依然是空的。
“哎吆~！难道我要空着双手去旅行吗？”小智无奈的向大木博士问道。
“是还有一只小精灵啦，可是有一点小问题。”
说完大木博士，按下开关将隐藏起来的精灵球拿给小智，小智打开精灵球，原来是一只皮卡丘。
不过这只皮卡丘很不喜欢呆在精灵球里面，而且很容易攻击人类，没有其他选择的小智就带着这只皮卡丘开始自己的小精灵大师之路。
大木博士也拿出事先准备好的精灵图鉴和五个精灵球递给小智。
收到初始训练家的全部物资之后，小智就离开大木博士的研究所。
一出研究所就发现镇上的人们还有小智的妈妈来给自己送行，小智的妈妈将整理好的物资放在背包里面，一一告诉小智的用途。
一番寒暄之后，小智就踏上了前往外面世界的道路。
刚出家门的小智一路上看什么都比较新鲜，可是小智的皮卡丘却不给小智的面子，说什么也不肯前进。
无奈之下的小智只好戴着胶皮手套，然后一同绳子拴着皮卡丘向着下一个城镇前进。
就在前进的道路上，小智发现了第一只野生的小精灵--波波，可是皮卡丘不愿意听小智的话，并不想为小智战斗。
没有小精灵可以用的小智，就使用精灵球直接丢向波波，当然是捕捉失败了，行动失败的小智选择了另外一种方式来捕捉波波，那就是用自己的睡衣罩住波波，却不曾被罩子底下的波波使出了烈暴风，将小智吹飞了起来。
行动失败的小智只好看着波波飞走，进攻失败的小智捡起路边的石头砸向另外一只野生的小精灵，而那只小精灵是一个烈雀。
被攻击的烈雀选择向小智的皮卡丘发动进攻，却被皮卡丘的电击所击败。
被打败的烈雀呼朋唤友，召唤大部队前来协助，真的是一支穿云箭，千军万马来相见。
大群的烈雀，听到了这只被皮卡丘攻击的烈雀的求助热线，纷纷前来支援。
看到情况不对劲，小智和皮卡丘直接就开始逃命，虽然转身就跑，可还是被烈雀们追上来了，小智一边跑一边安慰皮卡丘，表示自己不会抛弃皮卡丘的。想要趁机缓和和皮卡丘的关系。
却不曾想，皮卡丘看了小智一眼，加速越过小智，将小智甩在身后，真的就是像故事里面说的。
三个人遇到熊，一个人爬上树，另外另个人扭头跑，一个人问另外一个人该怎么办，这样下去要被熊追上了。另外的人回到，没事，熊追上来，我只要跑的比你快就行了。
虽然皮卡丘跑的比小智快，可是烈雀们却是从天上发动进攻的，即使跑得快也没有用。
走投无路的小智情急之下，抱着皮卡丘就跳下一旁的瀑布，打算从水中躲开追逐的烈雀们。
与此同时，夸下海口，说不成为伟大的小精灵训练家就绝对不会回家的，华蓝市道馆四姐妹之中的幺妹小霞，此时正在常磐市南边的一条河边垂钓。
目标是成为伟大的水系小精灵大师的小霞，正是因为专精水系，所以才会专门守候在水边寻找机会捕获合适的水系小精灵。
因为听说这边有强大的水系小精灵，所以小霞才特地来这里垂钓。
就在小霞全神贯注的盯着水面的时候，发现浮在水面上面的鱼漂一沉，小霞就知道有鱼儿上钩了。
用力抓紧钓竿，大力的拖曳，将猎物甩上岸来，才发现，原来是被烈雀攻击而跳下瀑布的小智，看着抱在怀里受伤很重的皮卡丘，小霞忍不住给了小智一耳光，并责怪小智怎么照顾的小精灵。
因为关心小精灵的伤势，小霞告诉小智，附近有常磐市的医疗中心，并建议小智带着他的皮卡丘赶快快去治疗。
正在交谈中，穷追不舍的烈雀群又追着小智过来了，找书苑 www.zhaoshuｙｕan.com一看情况紧急，小智将皮卡丘放在停靠在一旁的小霞的脚踏车的车筐之中，就登上脚踏车准备带着皮卡丘去常磐市的医疗中心。
并且告诉小霞，先借用脚踏车，下次还给小霞。
远处追过来的烈雀们，没有管在一旁的小霞而是继续追着小智进行攻击，正在追击中，天空暗下来下起了雷阵雨，在乌云中，雷电轰鸣。
慌不择路的小智，不慎将车子摔倒在路边，停下来的小智和皮卡丘不得不面对大群的烈雀。
这个时候小智挺身而出，将皮卡丘保护在身后，而感受到小智的爱，皮卡丘鼓起自己身体里面最后一点的力气，主动吸收乌云中的雷电，使出了电击绝招，将烈雀群击退。
而小智和皮卡丘也因为力气用尽，而陷入昏迷。
甩落在一旁的脚踏车也受到波及，被电击的变形了，而且一团焦黑。
等到再次醒来，小智发现烈雀群已经消失不见了，而皮卡丘就在自己的身边也是刚刚转醒。
这时天空之飞过一道靓丽的身影，传说中的小精灵凤王从雷阵雨后的彩虹之中飞过，看着传说中的小精灵消失在天际，小智就抱着皮卡丘走向了常磐市的精灵中心。
在常磐市的入口处，因为抱着受伤的皮卡丘而被君沙小姐拦住询问，还好有大木博士的精灵图鉴作为证明，不然就要被当做可疑分子抓捕起来。
好心的君莎小姐，看到受重伤的皮卡丘，开着自己的巡逻摩托车载着小智就来到了常磐市的精灵中心来为小智的皮卡丘做紧急治疗。
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